Важливою складовою діяльності Інституту є адміністрування національних управлінських інформаційних систем:

• ПРОГРАМНО АПАРАТНОГО КОМПЛЕКСУ «АВТОМАТИЗОВАНИЙ ІНФОРМАЦІЙНИЙ КОМПЛЕКС ОСВІТНЬОГО МЕНЕДЖМЕНТУ» (ПАК «АІКОМ»), Національна інформаційна система освітнього менеджменту EMIS (Education Management Information System). ПАК «АІКОМ» є інформаційно-аналітичною системою, призначеною для використання суб’єктами освітньої діяльності з метою ефективного управління закладом освіти у сфері дошкільної, загальної середньої, позашкільної, професійної (професійно-технічної) та фахової передвищої освіти, зокрема для накопичення, зберігання та автоматизованого оброблення освітньої статистики для розподілу коштів освітньої субвенції, ведення обліку дітей дошкільного та шкільного віку, формування переліку підручників, обраних закладами освіти для їх подальшого розподілу та доставки до закладів освіти, ведення обліку закладів дошкільної освіти, ведення ЕЛЕКТРОННИХ ЩОДЕННИКІВ Й ЖУРНАЛІВ (e-journal) та електронного документообігу, ведення фінансової звітності закладів освіти, ведення обліку закладів позашкільної освіти, підвищення кваліфікації педагогічних працівників, ведення обліку учнів, слухачів, педагогічних працівників та матеріально-технічного забезпечення закладів професійної (професійно-технічної) освіти.
• СИСТЕМИ АВТОМАТИЗАЦІЇ РОБОТИ ІНКЛЮЗИВНО-РЕСУРСНИХ ЦЕНТРІВ (АС «ІРЦ») національна освітня система, призначена для забезпечення єдиного інтегрованого інформаційного середовища у сфері інклюзивної освіти, необхідного для оброблення відомостей, що утворюються в процесі діяльності інклюзивно-ресурсних центрів, інших суб’єктів освітньої діяльності, автоматизації процедури створення заяв щодо проходження комплексної оцінки дітьми з особливими освітніми потребами, формування висновків про цю оцінку.

Відзначимо, що національні інформаційні системи, адміністратором яких є ДНУ «ІОА», постійно масштабується та модернізується за рахунок нових прикладних програм:

• Здійснюється адміністрування ПЛАТФОРМИ ПРО ЗДОРОВЕ ШКІЛЬНЕ ХАРЧУВАННЯ «ЗНАЇМО», що забезпечує імплементацію реформи системи харчування в закладах освіти України, започаткована з ініціативи першої леді Олени Зеленської.
• Незабаром буде здійснюватися адміністрування ПЛАТФОРМИ ДИСТАНЦІЙНОГО НАВЧАННЯ «ВСЕУКРАЇНСЬКА ШКОЛА ОНЛАЙН», що призначена для дистанційного та змішаного навчання учнів і методичної підтримки вчителів.

На сьогодні ДНУ «ІОА» – провідна в Україні наукова установа з питань розвитку освітньої статистики та аналітики.
На основі даних національних інформаційних систем та проведених наукових досліджень ДНУ «ІОА» розробляються пропозиції центральним органам влади щодо нормативно-правового, організаційного, науково-методичного та інформаційного забезпечення освітньої галузі.